藏药，对药物来源、性味功效和用药法则有独特理论。《月王药诊》首先提出五行学说和六味、八性、十七效的概念，《四部医典》又进一步加以阐明，使其上升到理论原则。五行学说是指药物来源于土、水、火、气、空。与当今所说的植物生态因子相似。土，为药物生长提供土壤；水，为药物生长提供水分；火，为药物生长提供热能；气，为药物生长提供动力；空，为药物生长提供空间。五行缺一不可，否则药物就无法生长发育。来源于五行的药物与性味功效又有密切关系，土性偏强的药物味甘，具有重、稳、钝、柔、润、干之性，具有强筋骨，增生体力，滋补强壮之效，可治隆病。根及根茎类药材大都属于土性。水性偏强的药物，味涩、酸，具有寒、凉、润、稀、钝 、软、柔之性，具有使饮食营养、血、肉、脂肪、骨、骨髓、精等七大物质聚和，增生肌肉之效，可治赤巴病。皮类和叶 类药材属于水性。火性偏强的药物，味辛、涩，具有促进七大物质基础成熟，助消化，促吸收，增生体热，荣润肤色作用，可治培根病。花类、种子类药材大都属于火性。气性偏强的药，味辛、涩 、咸，具有强筋骨，通经活络，增生体温，收敛疮疡，促进七大物质基础运行。皮类药材大都属于气性。空性偏强的药材，具有四性的通性，其功效通行全身无阻，舒胸宽腹，遍及肢体，适用于一切疾病。果类和种子类药材大都属于空性。同时这一理论还把药材的颜色和五行联系起来，认为黄色、淡黄色为土 ；白色者为水；红色者为火；绿色者为气；蓝色者为空。并根据药材的颜色来考虑其属性，决定它的六味、八性、十七效。
药物六味，即甘、酸、苦、辛、咸、涩。甘味具有增强体力，补气固本，荣润肤色，开窍舒胸，生肌消渴，增生体温，生培根之效，对赤巴有益；辛味具有增生胃温，健胃消积，镇静安眠，驱杀肠胃寄生虫之效。咸味具有熄风、镇静、消肿化积、消烦渴、增体力、生血液、生赤巴、干黄水、下死胎之效；涩味具有通淋止泻、复苏开窍、荣润皮肤和驱虫的功效。
六味之外，还有三化味，即服药后在体内经吸收使原来药物之味发生变化。如甘、咸两味转化为甘味；辛、涩、苦转化为苦味；酸味经体内吸收后仍为酸味；因此， 甘、苦、酸称之为三化味。
药物八性，即寒、热、轻 、重 、钝 、锐、 润 、糙。藏药学认为，疾病的发生是由隆、赤巴、培根失调所致；造成其失调是所用的药物性质不当、饮食不和、起居不适所造成。藏医所说的：“隆”，相当于中医的“气”、“血”，其功能是主呼吸、肢体活动、血液循环、五官感觉、食物分解排泄和精微运转等。“赤巴”相当于中医的“胆”或“火”，其功能是产生热能，维持体温，增强胃的功能，壮胆生智，荣润肤色。“培根”相当于中医的“土”和“水”，其功能是增强胃液，消化吸收，保持和调节体内水分的运转等。一般是重、钝两者医治隆、赤巴病；热、轻、锐、糙能医治培根病。且轻、糙、寒能诱发隆病；热、锐、润能诱发赤巴病；重、润、寒、钝能诱发培根病。同时，藏医学把药物的性与疾病的性同归为寒、热两大类。因此，药物与疾病的属性要对应相治，即寒与热，经与重，锐与钝，润与糙是相互对立，又相互制约的矛盾统一体，所以在治病时应辨证论治。
藏药在应用时主要采用复方，单味药很少，复方最多可达１００多味药，少则３－４味药，一般多为２０多味药。每一方剂都有一种主药，起主导作用。有些药物在应用前必须进行加工炮制，以消除和降低药物的毒性 ，提高治疗效果。在剂型上有汤剂 、散剂和水丸剂，临床应用最广的是散剂、水丸剂。
汤剂：药物品种少，先研成碎块，加水煎熬而成，剂量小，药性平和，收效快。
散剂：药物较多，药性重。是将药物混和研成粉末而成，使用方便，治疗汤剂所不能及的病症。
水丸剂：与散剂同。是将药剂的粉末用清水或药物的流浸膏制成。
药浴：是藏药治疗疾病的一种独特方法。所用藏草药主要是水柏枝、黄花杜鹃、圆柏叶、麻黄、野蒿５种，按病情和其他药物配制装入纱布袋内，放进锅中加水熬汁，将汁放入浴盆中，给患者进行药浴，对风湿性关节炎、黄水病和皮肤病有较好的疗效。
