藏医治疗学丰富多彩，其中许多独特的治疗方法，体现了浓郁的民族特色，至今仍广泛沿用。
藏医放血疗法是一种比较剧烈的手术治疗，通过将血管切开或穿破，进行手术放血，将病血引出体外，达到治疗目的。
藏医放血疗法多适用于热性疾病，如瘟病、疖疮、疮疡、丹毒、黄水、麻风、扩散伤热、骚热等热症。而一些疾病则不宜用放血疗法，如正精耗竭、灰色浮肿、胃火衰败等虚寒性疾病以及小儿、老人、孕妇、产后等，均禁忌放血。
根据病种和病程的不同，大致可分为早期、中期和晚期这三个阶段进行治疗。凡是热性病早期，应在热症初起，热势亢盛的时期，及时放血。而在病程的中期，恶寒停止身体感麻重之时，就及时刺血，放出恶血，以免热性扩散，难以控制。而在血病及赤巴病过程中，病血已散布在脉道之中，或因饮食不当而有余热未消，已散布于脉道，虽属晚期，也可放血治疗。
藏医放血过程分为鼓脉、进刀、察血、掌握出血量等步骤。所谓鼓脉法，就是设法使血流旺盛，这需要在放血前三天先内服一些分解药如三果汤（由诃子、毛诃子、余甘子组成），目的是将病血和正血分开。放血前应温暖躯体，待血流旺畅时，用扁形细绳捆扎放血以上部位。放血进针的穴位都有固定，要避开要害部位及命脉部位。
放血时，如流出液色黄而稀，甚或有泡沫、粘液者，均为病血。如果放出的血色鲜红且较稠，则为正血，不能再放。至于放血多少合适，也要根据病情和病人的情况而定，一般病人体质较壮实者，可略多放些。放血后，一旦病血流尽，正血出现时，即应该停止，勿放血过多，以免损伤正气。
藏医金针疗法是用金属制成的针、刀等锐利器械，刺入人体的一定穴位和部位，排除体内积液、脓血、痞块、异物及病邪的一种治疗方法。 在藏医经典《四部医典》中专书一章，对金针穿刺疗法从器械、穴位、方法、效果等方面详尽论述。14世纪，藏医北派强巴·南杰札桑及南派舒卡，年姆尼多吉等很多历代藏医名家，均对此术有详尽叙述。 《四部医典》头、颈、上下体腔及四肢创伤治法各章中，对人体血管分布，神经走向及脏腑等器官的位置都有详尽的描述。并具体指出人体骨胳、肌肉、淋巴等处的凶险位置。公元12世纪，著名藏医昌狄，班旦措吉著的《解剖明灯》，从亲自解剖尸体实践中，绘制出较详细的人体解剖图。这些为金针等外科手术疗法奠定基础。据载，吐蕃王朝赤松德赞（公元？～797）时藏医的手术疗法十分发达。然而，在当时消毒术十分落后的情况下，手术失败是常事，佛教认为切割肌体、血流皮破的手术与本门教规格格不入，后来也就逐渐消亡了。
藏医艾灸疗法历史悠久，运用广泛，主要用来治疗一些寒性病，如消化不良、胃火衰败、浮肿、水肿、黄水症、瘰疬、炭疽、神经错乱、健忘症、脉病等，其中黄水病和脉病疗效尤佳。在热病的后期，也可运用火灸施治。
艾灸通过封闭脉道要隘，使病邪不致流窜于脉道，从而起到镇痛，治消化不良，化痞块，干黄水的作用，使胃火增生，神志清明。艾灸的制作是一个很精细的过程。一般在秋天择吉日采集艾叶，用棍打碎，再揉成艾绒团。艾绒团的大小看所灸的部位不同而有差别：用于关节者，大小如姆指；用于头部和四肢者，大小如小指尖；用于脉窍者，大小如羊粪粒或制成条形；用于瘰疬和痞块者，大小如诃子；用于小孩胃部者，大小如豌豆。
